L'attuale chiesa di Santa Agnese è il glorioso resto della grandiosa chiesa a tre navate dedicata a San Giovanni Battista (chiesa che tante dispute innescò con la matrice San Giorgio ) e ridotta ad una sola navata non certo per il terremoto, ma sembra per un'esplosione che la fece rovinare per una vendetta dei sangiovannari contro i sangiorgiani che, rimasti senza chiesa, qui officiavano.

Sorge sullo sperone roccioso dei Penninelli su cui prima di San Giovanni sorgeva una chiesa dedicata a Sant'Andrea .

Resistette, come si è detto, al terremoto e già nel 1703 era aperta al culto. Sembra che vi si venerassero le Cinque Piaghe di Nostro Signore Gesù Cristo e così fu chiamata per un certo periodo posteriore al sisma, ma già dal 1728 Monsignor Marini la definisce con il nome della Santa. Raccolse nei vari anni anche i benefici delle distrutte chiese di San Marco "La chiesa di San Marco è di costruzione precedente al 1654, ma |certamente posteriore alla visita vescovile del 1621 nella cui relazione |non ve n' è cenno. Non se ne conosce l'ubicazione." "0"^l, San Leonardo , del vecchio Sant'Andrea , dello Spirito Santo e di Santa Maria del Canale .

Lineare la facciata. Sui muri laterali sono ancora visibili i resti del precedente tempio. Nel minuscolo campanile una sola campana.

Gli interni furono rifatti nel 1908 e recentemente sono stati ulteriormente restaurati. Gli altari sono cinque, in pietra calcarea colorata. Quattro altari su cinque sono adorni delle statue e dei quadri provenienti dalle altre chiese. Tralasciando il primo che è vuoto, nel secondo altare di sinistra c'è la statua della Santa con un agnellino ed una croce in mano, nel primo altare a destra un Santo anonimo e nel secondo un quadro con Maria Ausiliatrice.